Lavar bien y secar todas las verduras. Pelar el diente de ajo y picarlo bien fino con las cebolletas. Cortar los pimientos en cubos pequeños, sin las semillas, y también el calabacín, sin pelar.

Calentar un par de cucharadas de aceite en una sartén amplia y pochar a fuego suave la cebolleta con el ajo y una pizca de sal. Cuando empiecen a transparentar, añadir el pimiento, remover, y cocinar unos 10-15 minutos más. Agregar el calabacín, salpimentar y saltear unos 10 minutos antes de añadir el tomate y tomillo al gusto.

Machacar el tomate con la cuchara o espátula y remover para ayudar a integrarlo. Mantener la cocción a fuego medio-bajo durante unos 40-50 minutos, hasta que se evapore el líquido del tomate y las verduras estén al punto deseado. Corregir de sal.

Mientras, cortar las berenjenas por la mitad longitudinal, cortar las puntas y hacer unos cortes en forma de diamantes en la pulpa, Pintar con aceite y colocar en un recipiente apto para el microondas. Calentar a máxima potencia durante unos 8-12 minutos, hasta que estén bien tiernas. Dejar enfriar.

Cuando no quemen, sacar con cuidado la pulpa con una cuchara, sin romper la piel, picarla si hiciera falta e incorporarla al pisto. Rellenar generosamente con el pisto las berenjenas, añadir un poco de tomillo y queso rallado.

Gratinar en el horno unos minutos con la función grill o precalentado a 220ºC, hasta que estén al punto deseado. Servir calientes o templadas.